新闻 | Cancer Cell:MDMX是髓系淋巴瘤恶化的关键;RNA绝对定量测序新技术

发布时间:2021-04-23

科研进展



1、Cancer Cell: MDMX是髓系淋巴瘤恶化的关键

Cancer Cell,美国爱因斯坦医学院的Ulrich Steidl团队发现:MDMX过表达增加了白血病前干细胞(pre-LSC)的数量和竞争优势。

为了研究MDMX在正常和恶性造血中的过度表达情况,作者建立了Mdmx转基因小鼠模型(Mdmx-Tg),该小鼠在长时间潜伏期(中位数为550天)后因各种实体瘤或淋巴瘤而死亡。研究发现:MDMX过表达增加了转基因小鼠造血干细胞的数量,增殖和竞争能力。在此基础上,作者发现MDMX过表达与其它的髓系疾病相关等位基因一起充当了白血病前期向AML的过渡的驱动力。

之后,作者通过转录组学的分析手段,发现MDMX的过表达会导致白血病转化前期干细胞中Wnt/β-Catenin信号活性上调,而这种作用是由MDMX与CK1α的物理相互作用介导的。通过化学手段抑制Wnt /β-Catenin活性或者人为提高CK1α的表达水平,则能够有效“挽救”因MDMX过表达导致的白血病转化前期干细胞的“致癌”特性。

最后,作者分析了p53基因在该信号中的参与情况,结果显示,MDMX驱动的骨髓干细胞扩增和Wnt /β-Catenin上调并不受p53基因的影响。(生物谷)

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2021.02.006

2、Cell:无需改变蛋白质,只需调控基因就可以改变植物性状

Cell,美国冷泉港实验室Zachary B. Lippman课题组发文,该研究通过高通量CRISPR技术筛选茄科和十字花科植物WOX9 基因启动子区的多个非致死突变体,发现WOX9启动子区存在多段顺式序列元件可调控基因的多效性功能,且这种多效性基因功能在物种间保守。

该研究首先利用了ATAC-seq技术,检测番茄分生组织内染色质开放状态,发现在WOX9启动子内主要存在四个染色质开放区。然后利用高通量CRISPR编辑系统在番茄中构建了大量WOX9启动子区等位突变体,以达到能有效操纵基因表的目的。研究发现,启动子区段I和II在茄科植物间具有高度的序列保守性。因此选取茄科物种种地莓,在其WOX9同源基因启动子区段I和II进行高通量CRISPR编辑,发现与番茄的表型相似,说明了WOX9的多功能和调控的顺式元件在茄科植物保守。

此外,该研究进一步在十字花科拟南芥中的WOX9启动子区序列发现24个高度保守的短序列,也同样发现WOX9基因的营养生长和生殖生长调控功能在不同科属物种间高度保守。(iPlants)

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00151-3

3、Nature Biotechnology:RNA绝对定量测序新技术

Nature Biotechnology,曲阜师范大学与美国麻省理工学院合作,发表了题为:Quantitative mapping of the cellular small RNA landscape with AQRNA-seq的研究论文。

该研究开发的AQRNA-seq(Absolute Quantification RNA-seq),克服了现有RNA-seq的不足,首次实现了细胞内RNA分子的高通量测序、绝对定量分析、表观修饰定位、代谢片段鉴定等全面组学分析;利用AQRNA-seq,从绝对定量的角度,描绘了结核分枝杆菌和人类癌细胞内RNA组的完整表达和代谢图谱。

据悉,该团队近期已成功开发AQRNA-seq新版本(version 2.0),通过进一步设计并优化多个关键步骤,在绝对定量的基础上,实现了PCR dimer-free的建库技术。该版本可以与现有small RNA-seq技术通用,同时解决了必须通过胶回收除去PCR引物二聚体的繁琐步骤,突破了限制RNA建库全自动化的关键限制因素,有望发展成为RNA测序的新型通用平台。(生物世界) 

https://www.nature.com/articles/s41587-021-00874-y

4、Gut:长期饮食习惯与肠道微生物组的促炎和抗炎特征有关

Gut,一研究团队揭示了特定的饮食模式会通过促炎或抗炎机制影响肠道内的炎症反应。

研究人员发现,加工食品和动物源性食品始终与相对丰度较高的“机会性”细菌(敌菌)物种相关,包括厚壁菌门(Firmicutes)和瘤胃球菌属的某些细菌(Ruminococcus sp.),它们都参与促炎活动。

坚果、水果、蔬菜和谷物等植物性食物则与 "友好 "细菌种类有关,如Faecalibacterium sp.,这些有益菌可以产生短链脂肪酸(SCFA),能够将纤维和果胶发酵成乙酸盐和丁酸盐,具有抗炎和保护肠内细胞完整性的作用。

而肉类、炸薯条、蛋黄酱和软饮料组成的快餐组饮食与所有研究参与者中的 "敌菌 "相关,如梭状芽孢杆菌、粪芽孢菌属(Coprobacillus)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)。在缺乏纤维素的情况下,这些细菌会转向肠道粘液层觅食,导致肠道的完整性受到侵蚀。

结肠粘液层作为隔绝肠道内容物和上皮细胞的屏障,也是第一道屏障,它的结构和功能的完整性对人体的健康产生非常重要的作用。

酒精和糖的长期摄入与较高的醌合成途径相关,这与炎症性肠病(IBD)患者肠道中醌类合成增加的结果一致。因此,调整饮食或能有助于缓解体内炎症。

研究人员在所有研究参与者中都观察到了这些模式,这表明健康人与炎症性肠病或肠易激综合症患者的饮食和肠道微生物组信息存在重叠。(中国生物技术网)

https://gut.bmj.com/content/early/2021/03/08/gutjnl-2020-322670


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